非淋菌性尿道炎的潜伏期一般为1~3周，发病较缓慢，而且相当部分的患者症状不明显，往往被忽略了，合并淋病时病情易被淋病的症状掩盖，给诊治上带来了很大的困难。
男性患者自觉尿道口刺痒、有烧灼感，尿道口红肿充血、尿频、尿急、有时有轻度排尿困难，如在较长时间不排尿，或晨起时尿道口有水样或稀薄粘液流出。有时尿道口有一层痂皮似的薄膜“封口”，或者内裤上有污秽物，有些病人无尿道分泌物或者分泌量很少，需用力挤压阴茎才有分泌物从尿道口溢出。
女性患者表现为白带增多、阴道红肿、子宫颈糜烂或有子宫颈炎并有少量分泌物，有的患者有轻微尿痛而无分泌物，还有些患者伴有腰疼但无任何其他症状。
非淋菌性尿道炎后应及时治疗，如延误时机，往往会引起许多合并症。男性合并附睾炎或前列腺炎的较多。急性附睾炎可自觉单侧睾丸疼痛、肿大、发硬，阴囊表面皮肤充血。在睾丸出现肿胀时，患者尿道分泌物往往消失，因而常会掩盖病情。另外，男性也可引起精索和输精管炎症，造成不育症。女性患非淋菌性尿道炎常常合并阴道炎、盆腔炎，严重的还会引起异位妊娠，不育症，而盆腔炎等又可引起腹膜炎、输卵管积脓和盆腔脓肿。患非淋菌性尿道炎的妇女在分娩过程中，往往还会感染新生儿，引起新生儿结膜炎，严重的还可以引起新生儿肺炎。
患非淋菌性尿道炎的同性恋者，由于他们的异常性行为如肛交、口交等可造成直肠炎、咽炎或其他疾患。