本病的病原体是人类乳头瘤病毒(HPV)。属DNA病毒。人体皮肤及粘膜的复层鳞状上皮上HPV的唯-宿主，尚未在体外培养成功。病毒颗粒直径为50～55nm。这是非常小的，一般光学显微镜是不能看到的，只有借助电子显微镜才能看到。人类乳头瘤病毒的类型很多，近年来分子生物学技术研究发展迅速，证实人类乳头瘤病毒有60种以上的抗原型，即这一家族里有60多个相似而又不同的病毒(亚型)，其中至少有10个类型与尖锐湿疣有关(如6，11，16，18及33型，最常见6、11型)，而第11，16，18型，则是国外目前研究宫颈癌、外阴癌甚至阴茎癌的最热门的病毒因子，其长期感染与女性宫颈癌的发生有关.
尖锐湿疣与寻常疣、扁平疣、丝状疣、掌跖疣等，同为感染人类乳头瘤病毒(HPV)引起。但不同类型的HPV能引起不同的疣。如Ⅰ型主要引起掌跖疣，Ⅱ型主要引起寻常疣，Ⅲ型主要引起扁平疣，而尖锐湿疣主要是由Ⅵ型、Ⅺ型病毒感染所引起。HPV在温暖潮湿的环境中特别易生存增殖，故男女两性的外生殖器是最易感染的部位。病毒可自身接种，因此发生于肛门等部位的损害常出现于两侧接触面。