萨迦派是藏传佛教的重要宗派之一。
北宋熙宁六年(1073)，贡却杰波在后藏萨迦建寺弘法，后以此寺为主寺，形成萨迦派。“萨迦”，藏语意为“白土”，据说是因为寺庙所在地的土质呈现灰白色而得名。又因该教派寺院墙上刷有红、白、蓝三色条纹，故俗称“花教”。
贡却杰布死时，其子贡噶宁布(庆喜藏，1092—1158)方10岁，寺院暂由巴日仁波且代管。贡噶宁布努力学习佛教知识，成年后继教主位，并建立了完整的“道果教授”，使之成为该派的核心教法，萨迦派势力由此得到很大扩充，他被尊为“萨钦”(萨迦大师)，列为“萨迦五祖”之首。
到“萨迦四祖”贡噶坚赞(庆喜幢，1182—1251)，萨迦派开始了突变性的发展。此时的萨迦派，以“教政合一”的形式，直接控制着当地政治、经济和宗教、文化，成为卫藏地区最强大的实力集团。1245年，四祖派他的两个侄子——10岁的八思巴和6岁的恰那多吉先赴凉州，他和卫藏地区各种势力交换意见后，于1246年到达，次年与阔端晤面，并为阔端治好了病，深得阔端信服。
八思巴(1235—1280)意谓圣者、神童，是人们对他的尊称，原名罗追坚赞(慧幢)，是“萨迦五祖”。1260年，忽必烈即蒙古大汗位，封八思巴为国师。在元朝中央的大力支持下，萨迦派的政治、经济力量和社会影响空前加强，成为西藏居领导地位的教派。八思巴的家族和萨迦派教徒倍受朝廷重用，受封为帝师的有十余人，被封为王、司空、国公和各级官吏的更多。
自14世纪上半叶，元朝开始衰落，萨迦派失去了中央政权的强大支持，卫藏地区新的教派和封建集团崛起，加上内部纷争，萨迦派逐渐式微，仅保持法王的称号和官衔。1354年，帕木竹巴绛曲坚赞消灭了萨迦地方政权，取其辖地。
从此，萨迦派政治失势，逐渐向纯宗教领域复归。