陈独秀与中共分道扬镳
寄语：此后，陈独秀由于对共产国际不满，倾向于托洛茨基的主张。不过，他也不赞成同样背离共产国际路线的毛泽东农民革命的思想。
1929年11月16日，陈独秀因在中东路等问题上发表不同意见，反对当时中共提出的“武装保卫苏联”的口号，被开除党籍。后发表《告全党同志书》公开信。
陈独秀是少数经过30年代还幸存下来的中共领袖之一，但对自己所创建的政党已经不再能产生任何影响。
1931年5月，陈独秀出席中国各托派小组织的“统一大会”，被推选为中国托派组织的中央书记。
1932年10月15日，在国民党巨额悬赏多年后，陈独秀被上海公共租界巡捕房以创办非法政党的罪名逮捕，随后移交南京政府。
国民党各地党部、省主席、司令等纷纷致电中央要求予以严惩，共产党也发表消息和称他为资产阶级走狗、反共先锋的评论。
另一方面，已经成为名动全国的大律师的章士钊主动免费为陈出庭辩护，胡适之、傅斯年等人纷纷出来为其说话。
1932年12月8日，德国科学家爱因斯坦去电蒋介石，请求将其释放。此外，知名的学者罗素、杜威等人也向蒋介石做出同样请求。但蒋介石不为所动。
1933年以判处13年有期徒刑，1933年4月14日，公开开庭审判，章士钊在法庭慷慨陈词，赢得旁听一片赞誉。
结果，陈被“以文字为叛国之宣传”判处有期徒刑13年。囚禁于南京老虎桥第一监狱。此后，其自辩和章的辩护词在天津《益世报》全文登载，其他报纸也纷纷报道，一时轰动全国，曾出版过《独秀文存》的亚东书局公开出版了陈案的资料汇编，还被上海沪东大学、东吴大学选为法学系的教材。
判刑后囚禁于南京。在南京狱中，陈利用国民党的优待条件，大量阅读古今中外的书籍，潜心研究中国古代语言文字、孔子、道家学说等，完成了不少有价值的学术论著。
1936年3月，在《火花》发表了《无产阶级与民主主义》，指出“最浅薄的见解，莫如把民主主义看作是资产阶级的专利”。称“民主主义乃是人类社会进步的一种动力。”“斯大林不懂得这一点，抛弃了民主主义，代之于官僚主义，乃至于把党，把各阶级苏维埃，把职工会，把整个无产阶级政权，糟蹋的简直比考茨基所预言的还要丑陋。”