陈水扁 贪污洗钱案
寄语：2008年8月13日，台周刊刊载陈水扁借由媳妇黄睿靓将巨款汇到美国，但陈水扁随即透过律师出面否认，并声称陈家财产早已经信托，不可能汇出国外。
然而2008年8月14日立法委员洪秀柱举行记者会，揭露黄睿靓在瑞士以其个人与公司名义所成立的4个帐户因有洗钱嫌疑而遭瑞士联邦检察署冻结，并主动致函台湾请求司法协助。
同日下午陈水扁召开记者会道歉并坦承其历来的选举剩余款并未诚实申报，而且其妻吴淑珍暗中将他自1996年起共4次的选举结余款汇往海外帐户，他于2008年年初才首次得知此事。
此话一出立刻在台湾地区引爆喧然大波并招致台湾地区社会舆论挞伐，特侦组检察官主动展开调查。2008年11月11日，特侦组以被告身份传讯陈水扁，在五小时侦讯后，向台北地院声请羁押陈水扁。
2008年11月12日清晨7点，一致通过收押陈水扁，陈水扁从声押到收押的事件，连续两天攻占全世界主流媒体的头条或头标新闻。
在检方的调查下，陆续追出有贪渎嫌疑的数案，其资金来源与官商授受关系也一一曝光，但陈水扁一家坚称所有资金皆是政治献金，并非贪污，迄今仍在法院审理中。
收押曾三度绝食抗议，但均不能如他自己预告的坚持到底，检方于2009年8月4日拒绝所有被告认罪协商。
2009年9月11日，一审宣判，陈水扁被判无期徒刑，并科新台币二亿元罚金，同时褫夺公权终身。
其中国务机要费的部分被分作四案宣判，无期徒刑即为其一之判决结果。蔡守训在审判书中引用古文做道德批判，以陈身分极高为由，首创以职位高低来衡量刑期的法律见解。
除国务机要费被广泛视为历史共业外，其他如龙潭购地等案皆无直接证据可证明陈水扁有罪，多位证人也皆否认陈水扁有所指示。
这类以台湾地区行政管理机构体系为主体的层层审核之政策决定，一般情况下实难对特定公务员判刑。
此审判最大影响为及缺乏资金甚至负债的民主进步党，更加难以透过募集较高额的单笔政治献金来对抗党产数千亿的国民党，这类资源上的不平衡显现在各种选举宣传及政治酬庸安排，透过媒体购买也对新闻产业公正客观造成更大影响，进而导致台湾年轻的民主化过程中，实质“一党独大”的民主倒退加剧。
陈水扁审判期间极大的争议如：“大案并小案”，中途撤换周占春审判长，改由市长特别费案中引用宋代公使钱独特见解判马英九无罪的审判长蔡守训接手审理；及未审前羁押逾九个月，全程录音监听律师与被告之晤谈，遭质疑为“押人取供”。
同时，大法官会议对于中途撤换审判长的适法性，对照以往作出法律解释所需的时间，却在一审宣判后仍迟迟未予解释，其中立性已遭强烈质疑。这些司法程序上的行政干预，导致马英九的哈佛指导教授孔杰荣（Jerome A. Cohen）数度撰文质疑审判的公正性。
不过孔杰荣也表示，“案子涉及金钱之多，令我作呕。”扁及家人犯法，应该受到法律制裁，但司法程序必须公平，方能令人服气。他说，扁如果提出“绝不逃亡”等保证，法官应同意解除羁押，让扁好好准备为自己辩护。孔杰荣说，关在看守所中准备应诉，“就像一只手臂被绑在背后去与人格斗，是很困难的。”
审判的结果也遭到国外媒体的质疑，经济人报称之为“司法缺失之耻”（a shame about the judicial flaws）。
除了台湾媒体关注的孔杰荣，多位海外熟悉台湾事务的重量级专家学者皆表达对台湾司法体系相当的忧虑，但未如孔杰荣一般直接对审判内容做评价。
牵连案件
国务机要费案：从2003至2005年间，总数1.44亿新台币的国务机要费中近亿去向不明；
台开案：陈水扁女婿赵建铭以每股2元低价购入两万多张台开股票，不到一年净赚数亿，明显涉及内线交易；
高捷案：台湾高捷工程2005年8月底因高雄泰国劳工发生大暴乱而揭出大规模的官商勾结舞弊疑云；
SOGO案：陈水扁家“御医”黄芳彦被指为SOGO百货经营权之争的关键角色，代表的是吴淑珍；
ETC案：台湾高速公路收费站安装ETC电子收费系统，招标、建置中存在诸多疑点；
炒股案：前陈水扁办公室副秘书长陈哲男利用公权力买卖股票，中饱私囊，并与吴淑珍有着千丝万缕的联系。