水分过多、肥料过多、虫害、病害、连作等原因会导致韭菜根系会腐烂。如果在韭菜生长过程中没有进行科学的管理，导致水肥没有按照合适的比例投入，就会影响到根部的生长环境，引起烂根。如果土壤含水量过大，植株根系相当于泡在水中，也会导致根系窒息腐烂。若对病虫害没有及时防治处理，那么一旦被侵染，也将导致根系腐烂。
一、韭菜根腐烂是怎么回事
若浇水频次太高会使土壤中水分含量过高，从而导致根系生长受阻产生烂根。韭菜在生长的过程中需要摄取的肥料不是很多，若肥料投入过大，会导致根系吸收困难，灼伤根系。还有虫害也会造成烂根，韭菜最主要虫害是韭蛆，其危害根系导致吸收能力减弱，严重还会导致植株枯死。韭菜枯萎病也是常见的病害。一般易发生于排水不好的土壤，特别是在夏季下完雨后又遭到强烈阳光直射的情况下.题让就。
二、韭菜与韭黄的区别
1、韭菜是正常的在光照下生长，韭黄是避光条件下生长。
2、韭菜的根横卧，鳞茎呈狭圆锥形，外皮黄黑色，伴有网文状的纤维质，叶绿素含量比较丰富，叶片较绿，簇生在短缩的茎上，呈扁平的带状，通常有宽叶、窄叶之分，叶片表面呈蜡状，气孔深陷角质层。
3、韭黄根茎呈葫芦状，无主根与侧根的分别，根毛比较少，无叶绿素产生，叶片较扁，呈条状，其叶片嫩黄透亮。