护主训练是在犬具备扑咬能力基础上进行的，是指主人的安全在受到威胁时，犬能主动帮助主人攻击对方。训练法兰德斯畜牧犬保护主人的方法如下：
1、主人将法兰德斯畜牧犬拴在一个固定物上，然后站在距犬两米左右的位置，由一位助训员过来做假打主人的动作。此时，如法兰德斯畜牧犬能主动向攻击主人的助训员吠叫示威，助训员则要假装害怕逃跑以加强犬的自信心，而主人也要及时上前奖励自己的爱犬，必要时放犬扑咬助训员(提早穿戴好暗护袖)以加强奖励效果和适应实际的需要。
2。弗兰德斯家的狗没有回应助手对主人的假殴打。助理应立即停止对主人的假殴打，改为对狗的假殴打。当狗被助手的假动作激怒时，它会表现出强烈的吠叫和咬的欲望。这时，助理假装害怕逃跑。主人应立即上前奖励狗，必要时让狗咬。
3、如此反复训练，法兰德斯畜牧犬就会明白：别人打我主人也就是打我的信号。因此，当犬一看到主人被别人攻击时，就会主动扑咬对方。当法兰德斯畜牧犬具备上述能力后，就要由拴系训练过渡到自由状态下进行训练，但要提早给犬戴上口笼，以防咬伤助训员。