根据甲腩蛋白和其他相关验查，可以鉴别良性和恶性肝病及其他;
( 1)观察AFP和丙氨酸转氨酶(ALT）动态演变趋势。良性肝病AFP<200微克/升，常伴有ALT升高;如AFP和ALT呈平行变化曲线，多考虑肝病活动期;若两曲线分离，AFP升高，ALT不变或下降，可能为亚临床肝癌;ALT正常或轻度升高，AFP>500微克/升，大多为肝癌。AFP的含量与肿瘤的分化程度有关。中等分化程度的肝癌多合成AFP，而高分化肝癌很少或不合成AFP。因此AFP值对病情的佶计和疗效的评价有一定意义。肝炎、肝硬化患者AFP赤可一过性升高，肝炎一般小于400O微克/升，少数病例亦可超过1000微克/升，持续时间大多数不超过2个月，病情好转随之下阵。
( 2 )AFP>200微克/升达8周，多为肝癌;AFP突然升高>400微克/升时，高度怀疑为原发性肝癌。
( 3)AFP也可以用于鉴别正常妊娠与绒癌。虽然两者血清HCG均升高，但缄癌AFP不增高，先兆流产AFP会降低，预后不良的精留流产AF水平偏高。
( 4 )AFP还可以用于疗效监测和预后判断。当肝癌发展到一定阶段时，血清AF印水平和瘤体的大小相关。当AFP>200微克/升，且血清总胆红素异常升高时，预示患者生存期短。通常在术后4周左右AFP转为阴性，若不降低，甚至继续升高，提示手术未能完全根除肝癌或有肝癌转移。在中度分化的肝细胞肝癌中，AFP升高最为显著。
肝硬化活动期AFP一般不超过40O微克/升，且为一过性增高。凡超过此值、长期阳性或突然升高，均应警惕有并发肝癌的可能。
AFP是日前诊断原发性肝癌的最好的早期诊断方法，可在症状出现前6~12个月作出诊断，其特异性仅次于病理检查，假阳性率也较低，能反映病情变化和治疗效果，也是人群肝癌普查的良好的实验室指标。