肝囊肿主要依赖影像学进行诊断。在影像诊断中超声波检查最为重要。B超示肝囊肿为无回声区，囊壁薄而光滑，囊肿后方回声增强。B超能确诊直径3~5毫来的小囊肿，准确率在98%以上，是临床诊断肝囊肿最常用、最有效的方法。
如想更直观、更全面地了解囊肿及肝脏，甚至肝脏周围脏器的有关情况，中请肝脏CT扫描是非常正确的决定，特别是对于需进行手术治疗的巨大囊肿者。CT片对于手术的指导作用是显而易见的。术者在确定囊肿性质的同时，还可根据CT片囊肿的大小、数目和位置进一步确定手术的体位、切口和手术方式等。CT片的另外一个重要优点是可作为手术前、后对比的重要依据，而这个优点比B超更为明显。一般情况下，彩色超声检查、磁共振〔MRI)并不雪要。