窝沟封闭的方法很简单，通过清洁牙齿、酸蚀、冲洗干燥、涂布封闭剂和固化几个步骤即可完成。但需要强调的是窝沟封闭需有*人员进行操作，需要必要的仪器设备。
清洁：在低速手机上装上小毛刷，彻底清洁准备封闭的牙面窝沟部位，然后用水枪充分冲洗。注意必须用机用小毛刷配合三用枪进行牙面窝沟的清洁，单独使用三用枪达不到清洁效果;其次不能忽视上颌磨牙舌(腭)沟和下颌磨牙颊沟的清洁;如果有的窝沟在机用小毛刷清洁后仍有软垢存留，可用探针配合三用枪清洁。
酸蚀：窝沟封闭 前后对比清洁牙面后即用棉卷隔湿，将牙面吹干并保持干燥。用小毛刷或小棉球蘸适量酸蚀剂涂在要封闭的牙面窝沟部位，不要反复涂擦，酸蚀面积一般为牙尖斜面的2/3。常规用37%的磷酸凝胶酸蚀，酸蚀时间为20-30秒(不同产品的酸蚀时间可能有差异，需仔细阅读产品使用说明)。酸蚀后用水枪冲洗牙面10～15秒，确保将残余酸蚀剂冲洗干净。边冲洗边用吸唾器吸干冲洗液，切忌让患者自行吐出冲洗液，以免酸蚀牙面被唾液污染。注意酸蚀剂涂布的面积不能过大，否则可能腐蚀牙龈;另外，还应注意隔湿，防止舌体运动碰及酸蚀剂导致的腐蚀;下颌磨牙的颊沟、上颌磨牙的舌(腭)沟要酸蚀到，不要遗漏;无论上磨牙，还是下磨牙，视野不是十分清楚时应配合口镜的使用，避免遗漏牙面窝沟的酸蚀。
冲洗和干燥：冲洗后立即用棉卷隔湿并吹干牙面,吹干后的牙面应呈白垩状外观，如果酸蚀后牙面无此现象，说明酸蚀程度不够，应重新酸蚀。操作中要确保酸蚀牙面不被唾液污染，如果发生唾液污染，应再冲洗牙面，彻底干燥后重复酸蚀步骤。注意防止三用枪有油和水污染，可在干燥前先试一下三用枪，确保气枪仅有压缩空气时再进行吹干牙面，防止水油气混合影响干燥效果;当干燥上磨牙窝沟时，控制气枪，使气流不要太大，以免溅起唾液污染牙面;干燥过程中如果唾液分泌太多，可以同时配合吸唾器的使用。