天然祖母绿天生多裂多杂质，人们往往会对它进行优化处理。天然祖母绿最常见的处理方式是浸油处理，这种方式又分为浸入无色油和有色油，其中浸入无色油是唯一被业界认可的处理方法。除了浸油处理，天然祖母绿的处理方法还有镀膜处理和染色处理等，这些都是不被认可的。
GRS证书在其备注栏用缩写字母的方式，来标注天然祖母绿的处理方式。以下是各种字母代表的含义：
CE和CE(O)：这两个标识出现在注释一栏的“抬头”部分。一般来说天然祖母绿的内部是经过注油处理的会用CE(O)备注，其他的情况处理方式会用CE备注。None:无、Minor（Insignificant）:轻度、Moderate:中度和Prominent（Significant）:显著，这几个单词代表了天然祖母绿的含油量；C 代表 Coating :镀膜处理、D 代表 Dyeing :染色处理以及O 代表 Oil:浸油处理。
一、浸油处理
天然祖母绿裂隙较多，通过浸油后可提高其净度，一般来说也是被市场所认可的。浸入天然祖母绿的油脂有无色和有色之分，其中用水玻璃的无色充填，不易被鉴别出来。
鉴定方法：油类的充填物在裂隙处会有油滴溢出，树脂类的则可以看到明显的胶结作用；充填物较厚的地方可以看到残留有扁平气泡；裂隙处会有彩色闪光反应，闪光的颜色会随着填充物质出现差异。
二、镀膜处理
这类天然祖母绿又称为再生天然祖母绿，采用无色或是浅色的绿柱石表面，用水热法在其表面生长一层绿色合成的天然祖母绿薄膜。
鉴别：其表面的镀层会有交叉的网状裂隙，而且颜色深于本体；2）在长波紫外灯下，可以看到镀层荧光明显强于宝石本体；可以看到内部包裹体是绿柱石的特征，如雨丝状、气液包裹体等。
三、染色处理
将它放大了观察，可以看到裂隙处呈现无色或是淡黄色的反光，还有可见油，同时呈现黄绿色或是蓝色的荧光。