天然祖母绿的品质高低不同，其价值也不一。极品的天然祖母绿价值可达数百万到数千万，甚至更高。那么，天然祖母绿是怎么评价的呢？
颜色：
GRS认为，市场上的天然祖母绿的颜色，以木佐绿为最佳。一粒木佐绿天然祖母绿价格可以比一粒浅绿的天然祖母绿高出100倍。一颗颜色净度皆佳的天然祖母绿价值可以超过同等重量的钻石。
净度：
对于天然祖母绿的净度评价标准是彩色宝石中比较宽松的，天然祖母绿的内涵物、裂纹总是非常普遍且多种多样，所以研究者将显微镜下的天然祖母绿笑称为“花园”。内含物太多自然会影响宝石的价值，但对于宝石研究者来说，天然祖母绿的内含物是不可多得的样本，通过研究花园中“植物”的差异，可分辨出宝石产地的不同，及其生长环境。
切割：
天然祖母绿的硬度颇高，摩氏硬度为7.5,但质地比较脆，容易被重力撞碎。由于天然祖母绿非常贵重，为了最大限度 保存天然祖母绿的重量并且避免天然祖母绿在佩戴过程中因意外碎裂，切割师为这种宝石创造性的研发出一种特别的切割：天然祖母绿切割。这种阶梯式的切工，切去了宝石的四角，外轮廓呈八边形的长方形或正方形，能够把射进宝石的光线完全彻底地反射出来，同时防止边角 受到机械性的压力。
产地：
最优质的天然祖母绿产在南美洲的哥伦比亚。这个公认的最高品质的宝石产地所产的天然祖母绿有着极为优秀的晶莹澄澈的翠绿色，浓烈却绝不俗艳，相反，给人的感觉尊贵异常。哥伦比亚天然祖母绿在全球范围内都有极高的评价，甚至有非常明显的包裹体也是可以接受的， 价格亦远高于其他产地所产的天然祖母绿，可谓天然祖母绿中的名牌。
处理：
天然祖母绿的最有名的优化处理为浸油处理，许多天然祖母绿原石在被切割前会被浸在无色油里，使宝石的透明度提高，切割师就能看清宝石的内涵物，决定如何切割更合理。
在销售时，绝大数的天然祖母绿也经过浸注无色油的过程，从而提高宝石的净度，这在全球都是公认允许的。但是，如果用绿色的油来浸注天然祖母绿，使得天然祖母绿的成色看起来更绿，就是不能接受的行为了。