对于彩色宝石来说，净度对其美观性和耐久性有挺大的影响，净度的优劣与宝石的价格息息相关，因此对彩色宝石的净度开展评鉴是很有意义的。但是包括GRS在内的权威鉴定机构，出示的证书都不会标注天然祖母绿的净度，这又是为什么呢？
对宝石的净度进行评鉴，主要看两个方面，一是其内部的杂质，二是其表层的瑕疵。一般来说，宝石表层的瑕疵，包含切割打磨抛光宝石时留有的印痕或者佩戴者弄花宝石表层的印痕。这种表层印痕能够通过再度打磨抛光清除，因此在净度评鉴中并非最关键的因素。宝石内部的内含物才是影响宝石净度的关键要素，一般来说，其内含物越显著，宝石的价值越低（有独特现象的内含物除外）。
业界一般把宝石的净度分成VVS、VS、SI和I这4个等级，VVS是“very very slightly included”的简称，意思是极其细微的内含物；同理，VS是“very slightly included”的简称，也就是十分细微的内含物的含意；SI是“Slightly included”意为肉眼能见到内含物；I是“Imperfect”，也就是缺憾的意思，即内含物对宝石的美观性和耐久性有不良影响。不过，一些宝石先天净度就不错，而一些宝石则内含物很多，大部分都净度不佳。 一样是肉眼看得见的轻度瑕疵，对水晶而言净度是SI，但对祖母绿来说可能就是VVS了。
天然祖母绿，可以说是全部彩色宝石中净度最差的了，它内部裂隙和杂质之多之杂，甚至被称为“花园”。即便天然祖母绿的内含物很明显，它还是凭借本身美艳的翠绿色，位居顶级宝石行列。
因此，一些国际权威鉴定机构没有对天然祖母绿的净度作分级，不是不愿意，而是没必要。喜爱天然祖母绿的顾客都不会对这种美丽宝石的净度过于追求，大多能接纳它的杂质。当然，如果天然祖母绿的净度很好，颜色又漂亮，它的价值就会很高。高品质的天然祖母绿，身价远比同等重量的钻石高得多。