天然祖母绿的价格跨幅较大，一克拉的价格在几百元到几十万元之间。造成它价格起伏如此之大的重要原因就是它的品质，那么天然祖母绿的等级应该怎么划分呢？一般我们从颜色、重量、净度、切割和处理方式等因素来衡量天然祖母绿的价值。
天然祖母绿的颜色不像蓝宝石那么丰富，它是翠绿色的，略带黄色或绿色。在宝石实验室中，专家把天然祖母绿的颜色由低到高分为Light（淡）、Medium（中等）、Deep（深）、Intense（浓）和Vivid（艳）。天然祖母绿颜色的最高评级是Verdant green，它属于Vivid Green，只有饱和度和明度都很高的Vivid Green才可以称为Verdant Green。
越重的宝石自然越值钱，天然祖母绿也不例外。天然祖母绿的计重单位是克拉，1克拉等于0.2克。天然祖母绿颗粒较小，通常为1克拉以下。大颗粒的天然祖母绿往往品质不佳，因此大颗粒又高品质的晶体十分难得，价格也很高昂。
评价天然祖母绿的净度，一般通过肉眼观察就可以完成。天然祖母绿通常有很多裂隙和杂质，高净度的晶体十分少见，价值不菲。
由于天然祖母绿多裂多瑕的特性，它的性质较脆，切割的风险较高。祖母绿的切割不是为了形状的完美，而是在最大程度保留重量的同时，确保其坚固性。天然祖母绿有一种独特的切割方法，业界称之为“祖母绿切割”，是一种特别的方形切割法。
天然祖母绿一般会进行浸油处理，国际上唯一认可的天然祖母绿处理方式是浸无色油，这样的晶体被称为“有油祖母绿”。在同等品质的情况下，有油祖母绿的价格远低于无浸油的天然祖母绿。但是这不代表无浸油的天然祖母绿就一定值钱，它也可能是品质太差了，连浸油的价值都没有。
除了以上几点主要因素之外，产地也算是影响天然祖母绿价格的一个因素。尽管产地因素对天然祖母绿品质的影响大不，每个产地都有可能产出极品的晶体，但在实际商业交易中，产自哥伦比亚的天然祖母绿往往价格会更高。