天然水晶来源于大自然，被人们称之为有灵气的石头。天然水晶在中国最古老的叫法是“水玉”，意谓似水之玉。佛书中则称莹洁晶光的水晶为“水之精灵”，认为水晶会闪烁神奇的灵光，可普渡众生，尊称水晶为“菩萨石”。
天然水晶 (Quartz Crystal)需经过地球亿万年的锤炼而形成，其生长环境多是深藏于地底下、岩洞中，需要有丰富的地下水来源，其原料、水质、温度、压力等需通过几百万年甚至几千万年的时间达到相同的成长环境才会有规律地生长。这就是为什么“地质年龄”动辄以“百万年”为计算基数，也是“天然水晶”的珍贵之处。
天然水晶有“狭义水晶”及“广义水晶”之分。
“狭义水晶”指主要成份为二氧化硅，分子结构为晶状结构的晶矿，主要品种有紫水晶、绿幽灵、幽灵品类、金发晶、铜发晶、黄水晶、红纹石、托帕石、葡萄石、茶水晶、白水晶、粉水晶、蓝玉髓、虎眼石、黑曜石、月亮石、天河石等;
“广义水晶”指所有半宝石，连玛瑙、碧玺、海蓝宝、石榴石、舒俱来石、钛晶、等亦包括在广义水晶之列。