南京雨花石虽然精美绝伦，质地坚稳，不易风化和氧化，但是对于一个长期埋藏于地下的物品突然重见天日，如果保养不好，灰尘杂质的入侵，还是会对雨花石造成永久的损害。因此，为了保持雨花石的审美特征，不使其变质，采取适当的保管方法还是必要的。
一、是要防干防裂。雨花石在自然环境里，保持一定的湿度，有些雨花石中含有水分子，长期处于干燥情况下，会失去游离水分子，表面就可能开裂，尤其是抛光石和蛋白石，干放时 间长了，就会开裂。保管时，最好能保持相对湿度。还要防止机械性碰撞，在外力作用下会开裂破损，取放时要小心谨慎。
二、是要防酸防碱。雨花石的主要化学成分是二氧化硅，基本上属于中性，它在自然界所处 的地质环境，也基本上属于中性。因此，保管环境也要保持中性。偏酸或偏碱，酸碱中的离子就会与雨花石中的色素离子发生化学反应，使雨花石变质，或腐蚀，或变色。正常情况下 的水是中性的，偏酸偏碱的水，对雨花石都有影响。展览时，最好使用蒸馏水，或烧开后的冷却水。如有可能，在用水前，可用pH试纸测试水的酸碱度，pH值大于7的偏碱，pH值小于7 的偏酸。偏碱的稍加些食用白醋；偏酸的稍加些食用碱，调至pH值等于7就可以了。
三、是要防热防曝。加热或在强光下曝晒，随着温度的增高，也会改变色素离子的性质，使雨花石变质。保管时要离开热源，也要避免在阳光下曝晒。其他用途雨花台因多产五彩石子，古称“聚宝山”、“玛瑙岗”。 雨花石并不一定只有观赏的作用，一些没有观赏价值的雨花石在其他方面也有他的价值。
