不同颜色碧玺其相似宝石也不同，红色碧玺主要与粉红色黄玉、红色尖晶石、红柱石等相混，可以通过重液法鉴别。用一瓶3.06S/cm3的重液，几颗石头同时放人重液中，红碧玺悬浮或慢慢下沉，而红色黄玉、红色尖晶石则迅速下沉，红柱石下沉速度也大于红碧玺，由此可以挑出红碧玺。
绿碧玺主要易与橄榄石、绿色透辉石、绿色石榴石等相混。由于碧玺有较大的双折率，在合适的位置可以观察到清晰的后刻面棱重影而石榴石没有。橄榄石与碧玺的内部包体明显不同，橄榄石中有睡莲状包体而碧玺内含有典型的不规则线状和薄层空穴，部分碧玺可见大量平行纤维。碧玺为一轴晶，在折射仪中两条阴影界线一条上下移动，另一条不动。而绿色透辉石两条阴影界线都可上下移动，而且透辉石折射率高于碧玺。
玻璃可以仿冒所有颜色的碧玺，通过偏光镜可发现玻璃为全暗，而碧玺为四明四暗显示为非均质体，观察玻璃仿冒品无论任何角度都不可能观察到后刻面棱重影。碧玺有较强的多色性，用二色镜观察明显，而玻璃无多色性。
碧玺还有一个与相似宝石不同的就是它的热电性。在碧玺受热、摩擦或太阳的辐照下，其表面会带有电荷。这些电荷对空气中的异性电荷有相吸性，能吸附空气中带异性电荷的灰尘、纸屑等。这是碧玺独有的特性。可以通过这种方法做简单的测试。