古人说：“无瑕不成玉”，天然的玉石多少都会存在瑕疵，不同的瑕疵对和田玉影响是不同的，要具体情况具体对待。一般来说，和田玉有四种瑕疵，水线、棉、裂和浆。瑕本来是玉石中的缺陷，但是天然通透的玉料本就十分难得，稍有瑕疵的玉石也能充分利用。所以“化瑕为瑜”的雕琢工艺反而会使作品更加形象生动，更有特征。
棉：
棉是和田玉体内的白色结晶的聚集体，在和田玉中，无论是籽料，山料，都存在棉絮。棉不是区分各个料种的标志，不过青海料的棉较多较普遍一些。一般青海料的棉是孤立较大的点棉居多，而新疆山料以极细小密集点棉居多。
一般来说，如果肉眼难见的棉点，对于一件籽料作品而言，是可以忽略不计的。值得要提的是棉点如果是穿的，这样的料是不选择的。如果料整体比较浑厚，那穿棉可以根据料的情况决定要不要赌赌看。棉在籽料里扮演的角色一般是减分的，如果玉石的料子、颜色非常上乘，那么和田玉的绵点也并不会特别影响到玉石本身的价值。
裂纹：
俗话说：“十籽九裂”，籽料存在的裂纹，让人十分痛心。玉石籽料在恶劣的自然条件下由于撞击、挤压以及水冷冻膨胀等复杂因素的作用下，一般都会形成裂纹。其中指甲抠不到的称为“纹”，抠的到的称“裂”。不管是裂还是纹都有死的和活的之分。
需要警惕的是活裂。顾名思义，活裂是会长的，这个“长”指的是变长加重，不是愈合。其如同玻璃上的裂纹，纵、深、利，且不易察觉。日常佩戴的磕碰，甚至雕刻中的高频振动，都可能让情况进一步恶化，甚至完全断裂开来。
僵：
玉石里“僵”也有“浆”的说法，和田玉带僵的部分其实就是一种瑕疵，有僵的地方用手电筒照射，光线不能够进入内部，从这点上就能够判断出玉石是否有僵。
和田玉带僵一般分成两种，硬僵与窜僵，带有僵的和田玉价值不高，而人们在选择时是比较愿意选择硬僵的玉料。因为和田玉具有硬僵说明玉料比较细腻。窜僵料通常都不是很好，因为窜僵料一般都是外表美观，而内部非常差，表里不一、不易收藏。和田玉窜僵料是最没把握的料子，有可能从外面看着很美的一块料，里面质地很差，是尽量不碰的材料。
水线：
水线就是玉石里面一条半透明的像筋一样的东西。水线中的透闪石晶体为细长纤维状，具有明显的定向性，较高的透闪石含量和定向紧密排列的显微纤维构造，是造成水线透明度较高的主要原因。
如果水线在玉表面并且粗犷的，用肉眼一般都可以看到。但是也有少部分的水线看不到，那是因为这种水线很细小，且在肉内而不浮于表面，皮色籽料上面还有皮色掩盖，所以仅凭肉眼难以发现。不过用手电筒很容易看到。
在籽料中，水线的位置处于边缘部位，可者肉眼难以发现的情况下，对玉的价值的影响较小。再者，有些玉器的水线虽然比较明显，但是其它方面(如密度、油性、干净程度)都比较好，而且在加工过程中较好地规避或者掩盖了水线，反而更有特色，对价格的影响也很小。水线如果利用好了会增加玉料的价值。