金刚菩提子在存放时要讲究正确方法，以免菩提子开裂受损。
1、新菩提佛珠的存放很有讲究，最妥当的方法是：存放在封口袋或配套的锦盒内，再放置于抽屉、大盒子内，如此，冬季的空调，太阳光的直射，都不会对菩提产生伤害，因为有2层以上的环境隔绝了。需注意的是，存放于封口袋内，用不着把口袋全部系紧，应留一点缝隙，让空气内外均衡。曾有玩家因为封紧口袋，在连续数天下雨，天气突然转晴之后，因为空气压力，而开裂的。也有可能那个朋友的菩提佛珠受到了光线照射，而捂裂了。
2、什么气候最适宜？存放的气候，以5-27摄氏度为宜，这个范围是综合估算的，温度宜小不宜大，30摄氏度以上比较麻烦，如果空气被隔绝，被捂裂的可能性比较大。空气湿度也对菩提佛珠影响巨大，湿度高是没问题的，空气中充满水分，菩提子就不会发干。就怕湿度过低，干燥，菩提子因为发干，产生收缩，有危险。因此北方的朋友保存菩提佛珠，都会在室内放吸水石，每天加入很多水，以此来让空气充盈水分，加湿作用。
3、虫蛀解决方案：可以放心的是，菩提佛珠遭虫蛀，并不会破坏核壁，小小的虫子是根本啃不动坚硬如铁的核壁的。而要让虫蛀彻底断绝，挖空核的内部即可。可以用铁丝弄一个小弯钩，伸入核内反复掏，即可。
注意：新菩提子把玩2-3个月，再剔除掉核仁。在这两三月把玩过程中，因为上过许多次油，又有包浆渗透，此时挖掉核仁，较稳妥。尤其是，在夏天把玩新菩提佛珠，最宜！因为夏天出汗最厉害，菩提子哪怕被汗水浸着都不会有事的，有油脂存在于汗水中，对菩提佛珠甚佳。