南红玛瑙作为一种天然形成的宝玉石，储量是珍稀有限的，想要收藏到品质极佳的南红作品已十分不易，又因为形成环境的特殊性，南红自身会带有一些瑕疵，有些时候，正是它们的存在，影响着南红的价值。
南红水线：
水线在天然南红中其实是很常见的，它的纹理没有什么规律性。一部分藏友把它视为南红的瑕疵，但同时也有很大一部分藏友觉得，正是因为有了它，南红的质感才显得更为紧致细腻。
南红在打光的情况下观察，透光可见形状似线的就是“水线”。有的玩家认为水线就是南红的一种缺陷，因为它会降低南红整体的观感和品质，也有玩家认为水线使南红更加生动立体。
一些带有水线的南红质地细致而紧密，更受玩家喜欢，比如冰飘常用肉眼就能直接看到水线，但是很少有人认为这是它的瑕疵，经过精心雕刻出来的成品反而更加美观动人。
南红矿点：
都说一件南红好不好，得看看它符不符合“三无”标准，这其中就包括“无矿点”这一项。南红矿点，指的是南红原石中自带的天然黑色杂质。
南红在形成过程中，混入或侵入黑色的火山岩而形成，呈现出钉子般嵌入或为砂砾般散布。南红矿点的存在，会对南红的价值造成不小的影响，大家在甄别时务必要注意。
南红朱砂点：
南红朱砂点是一种特别玄妙的存在，那一颗颗如同面粉似的颗粒状物质，混在南红中，看得见，但你摸不着。一般而言，南红朱砂点越细越密集，分布得越密越均匀，南红便能有着越红艳越漂亮的颜色。但是，有一句话大家一定要记住：不同产地的南红料子，它们朱砂点的表现程度不同的。仅凭能不能肉眼看见朱砂点来判断是不是真南红(如联合料与九口料)，是大家对南红朱砂点及鉴别方法的一大误区。