明朝时期因为多受海外蛮夷骚扰，在很长一段时间里都实行了海禁，禁止民间使用番香番货，虽然香学的发展也一度处于低谷，但这其中却没有包括沉香。
《明太祖实录》记载：“甲寅（洪武二十七年）禁民间用番香番货。先是，上以海外诸夷多诈，绝其往来，唯琉球、真腊、暹罗许入贡。”在能够入贡的这三个国家中，真腊、暹罗都是沉香的主要原产国，而且虽然有这样的法令颁布，但是海禁却没有禁住番香，海外的香料仍能够通过民间渠道进入内地。
沉香的来源在明代还是有很多途径的，有朝贡品，民间走私贸易、郑和下西洋交易而来，葡萄牙商人的贸易渠道等，而最重要的是，海禁带来了莞香的繁荣。中国人种植沉香早在宋朝时就已经开始了，但是成功的经验并不多，正是在海禁给用香带来的压力下，人们终于掌握了沉香的结香方法，并形成了一定规模，而且品质上乘，成为沉香中重要的一个品种。
明朝时期各国间贸易的扩大，人们的视野更加宽阔，对沉香的认识和了解也更加深入，很多有关沉香的笔记都是出自这个时期，而且对于熏香方法、香具、品香都颇有研究。焚香品茗已经成为读书人书斋生涯、精神生活，甚至日常起居的一个重要组成部分。在这一时期，特别是对于沉香的评鉴逐渐多了起来，像薛辟疆在《影梅庵忆语》中极力推荐横丝沉香，认为“其香特妙”；高濂在《遵生八》中提倡“隔火熏香”的方法，认为“烧香取味，不在取烟”等等，是宋代以来沉香用香风尚的延续。（《越南芽庄奇楠的三个等级》）