在南北朝时，沉香就在梁朝陶弘景的《名医别录》中第一次作为中药材出现。经过一千七百多年的不断研究，沉香主要被用于宁神、静气、通窍、理顺、温中、固精等方面，不过由于文化上的差异，南北方在使用时有着不同的方式。
南方人普遍有煲汤、饮茶的习惯，用沉香煮水饮用是民间常见的养生方式，至今在岭南一带还保留着“喝煮过沉香的水来治疗肠胃道疾病”的偏方土法。据说过去到南洋打工的人，都会在随身的行李中戴上一尊用沉香雕制的佛像，既方便随时拜祭，在生病时也能够用削下来的碎屑煮水，用以治疗肠胃不适、感冒等症状。而在沉香的产地，当地人更是会用沉香作为煮饭的工具，不仅蒸出的饭会带有特殊的香气，而且易于消化不容易生病。
沉香在中医的性味归经中归脾、胃、肾经，更是对腕腹痛有很好的镇痛作用，通俗讲就是对慢性胃炎、消化疾病有很好缓解治疗作用，而且对“久病及虚”不宜进补时能够起到很好的补益。
在北方，人们则习惯将沉香打粉，然后与其他药物混合后制成丸药，早晚口服，可以用来降压和治疗心脑血管疾病。北方不是沉香的原产地，多来源于贸易，因此贩卖至此的沉香多为上品，药效也强，用于熏香的同时也非常适合入药使用。
沉香具有通窍理顺的作用，可以舒缓血压和调理心肌，疏通梗阻的脉络，令气血运行。其药性温和，与任何中药都无冲克，而且能够作为药力强劲的药引，把劲烈的药物顺利的送入体内发挥作用，对心脑血管类疾病有一定的功效。
沉香入药使用有很长的历史，尽管现今使用多见于熏香，但在很多中成药物的配方中仍然可以见到沉香的使用，可见其作用是无可替代的。（《沉香一定要选择沉水的吗？》）