同为沉香，但其中也有三六九等之分，其中争议最大的就是印尼沉香了，无论好坏都会沦为沉香中的末等。总结起来主要集中在以下几方面：
香韵参差不齐：沉香除了怡人的香甜韵味外，偶尔也掺杂一些不太好闻的味道，如酸味、草腥味、霉烂味等（《沉香中一些难闻的怪味》），而这些味道主要集中在印尼各个岛屿出产的沉香中，在其它产区，越南、柬埔寨等很难出现，即使在同属星洲系的马来沉香中也比较少见。
质地优劣差异大：质地坚硬，适用于制作雕件或车制成珠算是印尼沉香的最大优势了。不过，也不是所有的印尼沉香都适合做成工艺品，一些油脂含量较低的印尼沉香，由于含油量低，油脂无法掩盖粗大的香体纹理，因此并不是理想的制作原材。
泡饮入药争议最大：印尼沉香是否有药用价值，能否泡水饮用是最大的争议点，因为这直接有关人体健康。就目前而言，在众多有关沉香的学术研究中，印尼沉香是可以入药的，且质量要比目前国产沉香的质量还高，不过由于印尼沉香品质悬殊太大，还是不免有些让人担忧。
为何人们对印尼沉香有着如此大的偏见呢？可能有这么几点原因：
一是人们关于沉香的了解有很大一部分来自古代存世的笔记典籍，在沉香资源较为丰富的古代，出自登流眉（今马来一带）的沉香就已被描述成下品，更何况是印尼沉香了。前人把赞美都给了海南沉香，对于产地优劣的品评从宋代一直延用到明代，对印尼沉香低品质的评断已经形成了固有的观念。
二是，有关印尼沉香的研究较少。无论是古代，还是科学发达的现代，人们对于印尼沉香的研究都不多见，不像海南沉香或者越南沉香，先人已经用它们泡茶饮水了上千年，现代人自然就不那么怀疑了。而现代虽然拥有较高的科学研究手段，可限于天然野生原料的稀少与珍贵，也不可能做过多的研究，所以，就只能交给那些沉香爱好者了。
总之，小编认为不管是越南沉香也好，印尼沉香也罢，只要是好香，都有传世的价值，所谓“英雄不问出处”，随着野生沉香资源的匮乏，也许再过几十年，可能连这些争议的对象都难找了。