玉髓和玛瑙有着不同的纹理和内部构造，从外表看有时候会非常容易混淆，下面我们从玉髓和玛瑙的形成以及特点来进行一下简单分析。
玉髓是一种隐晶质石英的集合体，是在一定条件下形成的二氧化硅水合物，组成玉髓的化学成分复杂。玉髓的质地十分细腻。当玉髓质纯时，是无色或白色的。而当玉髓含有的其他矿物质分布不均，或者规律分布时，则会出现各种图案或条带状花纹，令人伤心悦目。玉髓的硬度在6.5左右，折射率1.53~1.54，密度2.58~2.64。玉髓呈半透明至微透明，玻璃光泽至油脂光泽，韧性较好，几乎可见各种颜色。
玛瑙是玉髓类矿物的一种，混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，硬度为7左右，比重2.65，半透明或不透明的色彩丰富有层次。玛瑙的形成是由于地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出，熔岩冷却时，蒸气和其他气体形成气泡。气泡在岩石冻结时被封起来而形成许多洞孔。之后，洞孔浸入含有二氧化硅的溶液凝结成硅胶。含铁岩石的可熔成份进入硅胶，最后二氧化硅结晶即是玛瑙。
玉髓是含水的二氧化硅水合物，更接近水晶；而玛瑙是脱水的二氧化硅凝胶体，透明度不好，逊色与玉髓。玉髓与玛瑙最基本的区别是纹理。古人把没有纹理的称为玉髓，有纹理的成为玛瑙。因此，可通过观察晶体是否有纹理、条状来辨别玉髓与玛瑙。