蓝色碧玺，颜色有蓝黑、深蓝、紫蓝、绿蓝、海蓝、浅蓝等等。一般来说，其致色元素可能是铁或是钛。在市场上，蓝色碧玺是最为珍稀的。纯正颜色的蓝碧玺Indicolite更是十分少见，浓艳而又鲜亮，可以与最为美丽的海蓝宝石相媲美。
在自然界中，大多数的蓝碧玺一般来说都会带点绿色调，有的多有的少。同时，因为碧玺的双色性和较为强韧的内部结构，使得其切割技术的要求高，只有数量较少的专业宝石切割师才能够把碧玺蓝色的一面完好地展示出来。若是切割方向选择有误的话，不单单是颜色出不来，还可能因为内部应力的问题而导致宝石自身的碎裂。
绿色碧玺，颜色还包括黄绿，蓝绿，棕绿色，是由铬元素和钒元素致色的。
绿色碧玺中最好的就是翠绿色。刚开始在巴西发现绿色碧玺的时候，一度被认为发现的是祖母绿而欣喜若狂。如此纯净的祖母绿是前所未有的，所以被称为巴西祖母绿。之后，人们才认识到，这是不同的两种石头。所以绿碧玺还可以被俗称为巴西祖母绿。碧玺也常常被切割成阶梯型（祖母绿型）来凸显颜色。