日本珍珠称为“真珠”，别称真珠、母贝、马氏贝，有淡水珍珠和海水珍珠之分。1920年，日本开始养殖淡水珍珠，选择在琵琶湖沿岸，用珍珠母蚌，将其切碎，以极不规则的蚌内混杂物作为插核材料。植入需要养殖淡水珍珠蚌体内，虽然获得成功，但所产珍珠的品质欠佳。自然销路也不会太好。1940年，日本养殖者总结前期养殖淡水珍珠的经验教训，摒弃用切碎的珠母蚌做核的办法，改用外套膜做核，植入珍珠蚌母体内获得成功，于是淡水珍珠养殖业发展很快，一日千里，到本世纪六十年代，日本珍珠业获得史无前例的发展，年产珍珠数十吨，成为世界上生产珍珠最多的国家。日本最大的湖是琵琶湖，所以日本的淡水珍珠被称为琵琶珠。日本珍珠中的海水珍珠产地主要是日本三重，雄本，爱媛县一带的濑户内海。
日本珍珠和南洋珍珠的区别是什么呢？
南洋珍珠几乎都是属于海水珍珠，南太平洋地区中包括澳洲、印尼、菲律宾、法属波利尼西亚等地，均产南洋珍珠。除了价值居高的南洋白珠外，最为特别风扉全球的要数金色南洋珍珠和大溪地珍珠（也称为黑珍珠或者黑色南洋珠）。
目前国内销售的日本珍珠几乎都是日本海水珍珠，由于南洋珍珠也是在海水里培育，从养殖环境来看，都是属于海水珍珠。由于海水珍珠和淡水珍珠的养殖不同，日本海水珍珠和南洋珍珠大部分都是很正圆的，比淡水珍珠更圆，价值更高，更迎合高端珠宝消费市场。
日本珍珠和南洋珍珠的区别不同还在于颜色，日本珍珠一般以白色为主，常见有透粉的晕彩色泽，南洋珍珠除了圣洁高雅的白色外，还有富含贵族气息的金色，以及神秘魅惑的黑色系（大溪地珍珠）。其南洋珍珠的价值比日本珍珠高好几倍甚至十几倍。表皮方面，日本海水珍珠多见轻微的生长纹理瑕疵，即使是最品质高的也不会完全没有，这个也是珍珠天然性的正常情况，无需鸡蛋里挑骨头。南洋珍珠品质好的表面相对光滑，极微瑕甚至几乎看不出什么瑕疵。因此，要区分区别日本珍珠和南洋珍珠，可以从直径大小、色泽、表皮等结合判断。
日本珍珠中的海水珍珠母贝主要是马氏贝，一般养殖时间3-4年，而南洋珍珠的母贝主要是金唇贝、白蝶贝和黑蝶贝，其贝体要比马氏贝大，可以养育更大的珍珠，养殖时间更长，至少需要5-6年。因此日本珍珠和南洋珍珠的区别第一在于珍珠大小的区别，一般日本珍珠的粒径范围一般在7-9mm之间，南洋珍珠的粒径一般在9mm以上，而达到13mm以上的属于珍稀收藏级别，价值更高。
由于大小规格上的差别，一般日本海水珍珠作为珍珠项链设计更受欢迎，由于其养殖环境和技术好，高品质的日本海水珍珠看上去水润感强，配衬于任何女士身上都令人为之眼前一亮。而南洋珍珠，被贵为珠宝中的皇后，直径较大，因此一般作为珍珠吊坠、耳环、戒指首饰的实际所用。当然，能匹配串成一条色泽一致的南洋珍珠项链，非常难得，价值不菲！能佩戴的女士，非富则贵，彰显身价！