玛瑙颜色丰富，种类繁多，不过红色是玛瑙中的主要颜色。因为天然红色的玛瑙较少，且又色层不深，故玛瑙中的红色多为烧红玛瑙 。其红色有正红、紫红、深红、褐红、酱红、黄红等。此外,色红艳如锦的称锦红玛瑙，红白相参的称锦花玛瑙或红花玛瑙。作玉雕制品的，以块大为上,作首饰嵌石的，以色美为佳。
玛瑙的质地似水晶，细腻无杂质,光泽玻璃状,透明或半透明。且多呈层状，各层互相重叠，呈波纹状、同心状、斑驳状、层状等多种花纹，也有纯白的。
颜色有红、白、黄、蓝、黑、紫、绿、灰、褐等。由于玛瑙的花纹和颜色变化丰富，品种很多，故有“干样玛瑙”的说法。
蓝玛瑙淡蓝色，色彩淡雅，蓝色深一些的更好，很象蓝宝石。产出呈结核状的多,常有缠丝现象。过去主要用来磨制首饰和鼻烟壶，块大的是玉雕的好材料。蓝玛瑙与蛋青玛瑙不同，蛋青玛瑙属于白玛瑙,遇火变为白色，青色阴暗不蓝，蓝玛瑙经火不褪色，价值较贵。