佛珠可分为三个种类，即持珠、佩珠、挂珠，而一般的念佛者，大多选用持珠。 持珠的姿势，亦可分为二种，单手持珠与双手持。单手持珠，大多用于站立、经行的时候；而双手持珠则是打坐时经常采用的姿势。其方法是将佛珠置于两手之间，呈交叉状，把母珠放在一侧，掐捻一周，回至原处即可。其实，根据《佛像图鉴》一书记载，历来大德高僧手持佛珠的姿势皆无定法，左手、右手、单手、双手、提高、垂下、平胸、齐膝，各种动作都有，但求其“方便”而已，所以我们也就不必强求特定的持珠方法了。 在持珠的过程中，经常有人会遇到要不要跨过“佛头”(母珠)这类问题。因为在经典中曾有： 珠表菩萨之胜果，于中间绝为断漏。 绳线贯串表观音，母珠以表无量寿。 慎莫蓦过越法罪，皆由念珠积功德。 经有记载，故而才有此一说。假如念诵者，纯以佛珠作为记数的工具，则不必把母珠和隔珠计算在内，念诵时轻轻捻过便是。如是念诵的人，除了把佛珠当作精进、记数的工具外，还希望藉着它来体悟更多佛理的话，当手捏到隔珠的时候，可用“佛、法、僧”三宝，或“戒、定、慧”三学来观想，当手掐到母珠的时候，也同样可以观想佛的相好光明，同时再逆时针朝相反方向捏念，即可解决此类问题了。 佛珠除了拿在手中起念诵记数的作用以外，还可以挂在颈部充当挂珠，或缠绕在手臂上起到佩珠的作用，这些都是具有深刻含义的： 二手持珠当心上，静虑离念心专注， 本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。 设安顶髻或挂身，或安颈上及安臂， 所说言论成念诵，以此念诵净三业。 由安顶髻净无间，由带颈上净四重， 手持臂上除众罪，能令行人速清净。 若修真言陀罗尼，念诸如来菩萨名， 当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。 再者，密教中由于三部(胎藏界)、五部(金刚界)修法之不同，对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比，是有所不同的。据《苏悉地羯罗经》说：“佛部用菩提子珠，观音部用莲花子珠，金刚部用噜椰罗叉子珠。”又据《守护经》及《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠，宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠，羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗辑要》一文说：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修坏法及长寿法用珊瑚珠，修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠，修一切法均可用凤眼菩提子珠。” 另外，密教的经典对掐捻佛珠的指法也有详细规定。从五部而言，《摄真实经》中记载：佛部以右手拇指与食指掐之，金刚部以右手拇指与中指，宝部以右手拇指与无名指，莲花部以右手拇指与小指，羯磨部以右手拇指与其余四指合捻之。从三部而言，《苏悉地经》中记载：佛部以右手拇指与其余四指的指尖相合，中指与小指直立，食指略屈附于中指中节以掐之；莲花部以拇指与中指指尖相合，舒展其余三指而掐之；金刚部以拇指与食指指尖相合，舒展其余三指而掐之。