所有水晶在购买后需要进行消磁清洗。因为水晶从开采的那一刻直到你的手中，经过不同人的接触，水晶的物理记忆性会将他们的思想、运程及身体状况完全记录下来。所以我们要先把水晶中所有存在的信息记录完全清除，以便输入自己的信息，这样使用水晶时，你便不会受前人的影响。刚买回的水晶和戴久了的水晶都需要的净化。
以下是清洗水晶的方法及注意事项：
1.阳光消磁清洗法
只要将晶石放于可被阳光直接照射的位置，例如窗台及露台等；照射时间约为30分钟至1小时。
注意事项：（1）晶石在阳光照射下会产生聚焦作用，如在晶石附近摆放了纸张或其它可燃烧物品，会有引起火险的危险。（2）如果晶石的色原素含有铜与铁，便不适用于此类清洗方法，由于此等物质在阳光底下受到长时间照射，会产生氧化作用，因而令到晶石退色。含有铜与铁色原素水晶包括红色或紫色及粉红色等水晶石。
2.月光星晨照射法
每逢农历十五月圆之夜，由于当夜是月亮的光芒特别强，正是晒石的好时机，晒石方法非常简单，只要将晶石放于露台或窗边，接受月光照射一晚的时间即可。此外，亦可在天朗气清，星光闪闪的晚上，将晶石放在露台上，让它吸收星光的精华，以达到净化晶石的效果。
另外，除了月圆之夜外，亦可选择月圆的前后几天，同样适合此类晒石方法。
注意事项：如接受照射的是紫色或红色的晶石，请紧记必须在翌日中午之前将晶石收回，否则日间的猛烈阳光会影响晶石的色素，令之退色。
3.海盐浸洗法
将晶石放进一杯以适量海盐洋( 或粗盐 )开匀的盐水中，浸三至四个小时，即可消解晶石周围的磁场。
注意事项：（1）如晶石是镶嵌在金属物中制成饰物，如戒子、吊坠等等，则请先将晶石拆离金属物才放进盐水浸泡，否则会影响到金属物表面的色泽与亮度。（2）请留意，此类清洗方法或会令到晶石的内含物在清洗后有所改变。
4.雪堆埋藏法
只须将晶石直接埋藏于霜雪里约数小时，可消除晶石周围的磁场。
注意事项：若晶石体积较大，就不适宜使用此类清洗方法，主要原因是假若晶石埋藏于雪堆一段时间后再取出时，会因雪埋内外的温差而产生冷缩热胀，有可能令到晶石出现爆裂情况。
5. 清水（矿泉水）浸泡法
将晶石放在水龙头下冲洗约20分钟，或用矿泉水浸泡24小时以上，这是最简易的清洗方法，能平衡晶石的负性能量。
注意事项：留意属于黄铁矿或蓝铜矿等晶石，它们不适宜使用此类清洗方法，原因是此等矿石类别含有铁与铜的成份，不能被水冲洗。
6.晶簇净化法
请先到水晶店购买一块约四磅或以上的晶簇，然后将晶石放在上面，透过晶簇发出的能量来为晶石充电，同时又能清除水晶的杂质，达到消解晶石磁场的效果。
注意事项：（1）此清洗晶石方法可每日进行，只要不佩戴晶石时将晶石放进晶簇内，便可不停为晶石充电。（2）如能购得天然晶簇来净化晶石，可达更佳效果。
7.香熏清洗法
可选用的香熏有檀香、鼠尾草等。于室内燃起一些香熏料，使晶石接受烟熏，使晶石得到净化。
8.自然清洗法
只要将水晶放于郊野之地，让宁静和谐的大自然万籁之声，来净化晶石的磁场，此清洗方法同时能增加晶石的能量。