有原发病者积极治疗原发病（如甲状腺功能低下等）。治疗单纯性便秘的根本应放在改善饮食内容，多补充水分和含纤维素多的食物（如谷物、蔬菜等），同时养成排便习惯，药物治疗只在必要时临时使用。
1、母乳喂养婴儿的饮食矫正
母乳喂养婴儿较少发生便秘，如果发生，除喂母乳外，加用润肠辅食，如新鲜蔬菜汁及水果汁。
2、人工喂养婴儿的饮食矫正
人工喂养儿较易便秘，但如合理加糖及辅食可避免便秘。
3、训练习惯
排大便是条件反射性运动，小儿经过训练能养成按时排便的习惯。
4、药物
（1）酚酞服药后6～8小时发挥作用。由于少量吸收后有肠肝循环，故其作用有时可维持3～4天。适用于习惯性便秘。
（2）液状石蜡睡前口服，用药后6～8小时生效。长期服用可导致脂溶性维生素及钙、磷吸收障碍。
（3）镁乳睡前口服。
（4）甘油栓塞入肛门，为轻刺激性导泻药，用药后数分钟即可排便。
（5）甘油/氯化钠（含山梨醇，甘油或硫酸镁）先用少许涂润肛门，然后徐徐插入肛门将药液挤入，数分钟内即排便。
（6）简易方法在家可戴橡皮手套用小指蘸少量液状石蜡（石蜡油）或凡士林，插入肛门通便。
（7）灌肠法用1%～2%肥皂水或生理盐水，其温度与室温接近，灌肠法刺激性较强，非特殊需要不采用。