新生儿便秘是由于解便机制未发育成熟，所以无法定时解便，常常要大便积多，直肠壁的神经感受到膨胀压力，引发反射性的解出，这就是有些婴儿几天才解一次大便的原因，用温度计刺激，因为可引发反射，所以也可以使其解便。
新生儿（指出生后不满28天）便秘的原因：
1、人工喂养：牛奶经消化所含的皂钙较多，易引起大便干结，从而便秘。
2、乳量不足：如果吃奶吃得少，或呕吐较多，或进食补液的小儿可引起暂时性的无大便。另外，新生儿的消化道肌层发育尚不完全，这样易引起便秘，还可同时伴有吐奶。只要小儿体重不下降，呕吐和便秘的现象都是正常的。
3、外科性疾病：可能的畸形包括肠道闭锁、肠狭窄、肠旋转不良、先天性巨结肠、先天性无肛、骶尾部脊柱裂、脊膜膨出、肿瘤压迫马尾部神经等，这些疾病常伴有严重的呕吐和腹胀的现象，需及时诊治。