①溃疡性结肠炎活动期：受累的同—肠段呈现均匀一致的改变。开始主要是粘膜充血、发红，水肿，血管纹理紊乱、模糊，半月襞增厚，肠管常呈痉挛状态。以后粘膜面变得粗糙，出现大小较一致弥漫分布的细颗粒，组织变脆，有自然出血或接触出血。腔内有粘液性分泌物。进一步发展，粘膜出现糜烂，伴有许多散在分布的黄色小斑，系隐窝脓肿形成后脓性分沁物附于腺管开口之故。溃疡较小而表浅，形态不规则，针尖样、线形或斑片状。排列无规律，围绕肠管纵轴和横轴相互交错。周围粘膜亦有明显充血、糜烂等炎性反应，表面附着黄色和绿色的粘液脓性分泌物，几乎无正常残存粘膜可见，类似于地图状。
②缓解期内镜像：主要表现为粘膜萎缩和炎症性假息肉。病情较轻者，炎症消退后肠粘膜充血、水肿亦逐渐消失，溃疡缩小呈细线状或愈合消失，渗出物吸收。由于溃疡性结肠炎的病理改变较浅，一般不超过粘膜下层，所以不形成纤维化和疤痕，可完全恢复正常。慢性持续型或复发缓解型病例，肠粘膜出现萎缩性改变，色泽变得苍白，血管纹理紊乱，粘膜正常光泽丧失，略显干燥。有的残存粘膜小岛，因上皮和少量纤维组织增生可形成假息肉。假息肉的特点是：体积一般较小，无蒂；体积较大者，与结肠癌不易区别。除假息肉外，有时还可见粘膜桥，是由于溃疡反复发作，而边缘上皮增生，在溃疡上相对愈合连接，形成两端与粘膜面连接而中间悬空的桥状形态，意义与假息肉相似。溃疡性结肠炎严重且反复发作者，晚期可出现肠管缩短，结肠袋消失，肠腔狭窄，粘膜面粗糙呈虫咬样，形成x线上所谓铅管样结肠。
③暴发期内镜像：见病变累及全结肠，肠腔扩大，正常形态消失，结肠袋和半月襞均消失。粘膜明显充血、糜烂、出血并见溃疡形成，大片粘膜剥脱，形成假膜样结构。此期因肠壁菲薄，极易引起穿孔，除非诊断不明，才可进行肠镜检查，检查时一般插至乙状结肠能明确诊断即可，不要进行全结肠检查。