灰指甲也是甲癣，引起灰指甲的原因有很多，即甲癣的真菌也有很多种，最常见的有红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状表皮癣菌等。其他如许兰氏毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌及同心性毛癣菌也可致甲癣。
此外，还有几种真菌常在甲营养不良的情况下引起甲的病变，如白色念珠菌、黄曲霉菌、熏烟色曲菌等。
灰指甲患者往往是先患有手癣或脚癣，真菌首先侵入甲周围的皮肤，然后通过指甲或趾甲的生长演变，逐渐侵入甲板内，并进一步生长和繁殖，直到破坏整个甲板。如果真菌侵入甲根部，影响了甲的生长，就会引起甲发育不良或甲畸形。 此外，还有一种情况容易患灰指甲，即全身或局部抵抗力低下时。
前者主要是指先天免疫功能缺陷而对真菌特别易感者；后者见于甲营养不良或甲发育异常患者。