灰指甲的医学名是甲癣或甲真菌病。甲癣很常见，占灰甲的85%以上，是由皮肤癣菌侵犯甲板所致，真菌感染是引起灰指甲的发病原因之一。甲真菌病较少，占灰甲的10%左右，系由白色念珠菌、曲霉菌等侵犯甲板而引发。
多数的甲癣、甲真菌病，是继发于手、足癣。真菌感染甲周围的皮肤角质层，然后逐渐蔓延到甲床、甲板，从而引发灰指甲。 真菌的感染多数从甲的游离端或两侧开始，早期在甲板上出现白色或污黄色的小点、小片，以后逐渐慢慢扩展，直到累及整个甲板，引起甲板变色、变形，失去指甲原有的光泽，甲板表面出现凹陷。
如果真菌侵犯了甲板下紧贴的甲床，则甲会变松，变成了充填碎屑的虫蛀状，同时甲床上面的甲板也渐渐增厚、松脆，甲板与甲床出现分离、破裂、缺损，甲的颜色变成灰白色或污白色。有的甲板会发生断裂，仅残留了一部分甲根。
正常人健康的甲不易受感染。灰指甲的发病原因是收于真菌侵犯指甲所引起的，受外伤的指趾甲或者经常在潮湿环境工作容易被真菌感染。手足癣也是引起灰指甲的发病原因。