1、全身性疾病营养性疾病遗传性疾病或药物可以引起种种甲的改变。如甲色泽的改变（变白变暗色素沉着淡蓝色黄色等），甲外形的改变（有横沟发育不良甲板过厚或过薄过大或过小变脆或与甲床剥离等），这些改变有时误为灰指甲，但是这些甲病有一个共同的特点，即全部指（趾）甲都发生病变，而且同步进行，就是说上述内因对甲的影响是同时发生的。
而灰指甲是由外因引起，真菌对甲板的感染是陆续传染的，有时见到的多个甲发生癣症，但却先后出现，并仍可能有一些指甲完全正常，这在内因性甲病中是见不到的；这也是灰指甲的鉴别诊断所应该注意的。
2、皮肤病引起的甲病变。如银屑病皮炎湿疹扁平苔藓等也可引起甲板增厚变形有凹点或纵嵴等，这些疾病一般同时有相应的皮肤病症可协助灰指甲的鉴别诊断。