治疗灰指甲一般选用外用药物，根据药剂不同，主要有浸泡、局部涂药和封包削治等方法。治疗时需配合去除病甲，外用药物方便安全，无痛苦、无副作用效果理想。
1、土茯苓、苦参、白藓皮、僵蚕、全虫、蜈蚣、白花蛇等中草药，采用大剂量、大浓度，每次洗、泡二十分钟以上。采取手足整个甲板浸泡的方法进行治疗，以达到药物强力渗透至甲板深部及皮肤角质层，彻底杀灭寄生在甲板角质内以及周围皮肤角质层内所有的真菌，使灰指甲得到整体治疗而根治，杜绝复发的产生。病甲全部剪掉，如长出新指甲应持续巩固用药。
2、取20瓣大蒜，除去外皮，切碎或捣烂，放入带塞广口玻璃瓶中。加入食用醋150毫升浸泡一天，即可使用。将病指甲浸入温水5分钟，把指甲泡软，用剪刀剪去或刮去可以除去的病指甲，将剪掉的病指甲插入大蒜浸液15分钟。每日3次，一周即可见效。如未痊愈，可按上法再治一个疗程。也可以用药棉蘸大蒜浸液敷在病指甲上。如果脚趾甲患有灰指甲，用此法同样有效。大蒜浸液可长期保存，反复使用，用此法治脚癣也有效果。
3、还可用10%的碘酒、6%的水杨酸、30%的冰醋酸、8%的环吡酮胺软膏、5%的阿莫罗芬甲外涂，可选用上述五种涂液中的任何一种，每日涂病甲1～2次，用药前应先把病甲刮薄。可坚持涂药至新甲长出，一般需治疗3～6个月。涂药时应避免将药液涂到甲周皮肤上，以免损伤皮肤。