灰指甲常有手、足癣或身体其他部位的真菌感染而引起，但相对于其他部位的真菌感染，灰指甲治疗效果差，治疗疗程长，病情往往是旷日持久、经久不愈。这主要因为甲的结构和特殊部位，使抗真菌药物不易渗入而发挥很好治疗效果。甲真菌常不能彻底被杀灭，经常会出现复发或再发。
很多人认为，灰指甲像足癣一样，单纯应用一些抗真菌的药膏涂抹一下就可以治疗了。实际上，如果甲的近三分之一已经被真菌侵入，就说明真菌已经损害到甲的母质，单纯使用外用擦剂就不能完全治愈灰指甲了，需要个体化联合治疗，才能使灰指甲治愈。
联合应用口服抗菌药物和外用甲抗真菌涂剂是一种经济有效的方法，是符合我国国情的。口服抗真菌药物价格昂贵，加之治疗灰指甲的疗程相对较长，会造成患者沉重的经济负担，并且抗真菌药物副作用较大，特别是在大剂量长期应用时，患者可能出现严重的不良反应。如果联合治疗，将口服抗真菌药物的剂量减半，联合使用外用抗真菌涂剂，也可以获得很好的治疗效果。