首先，皮肤病引起的甲病变。如银屑病皮炎湿疹扁平苔藓等也可引起甲板增厚变形有凹点或纵嵴等，这些疾病一般同时有相应的皮肤病症可协助诊断，避免与灰指甲病混淆。
其次，细菌感染。绿脓杆菌感染可绿甲而类似青霉菌等霉菌感染后的症状也会与灰指甲病混淆。
细菌性甲沟炎及其甲病变可与念珠菌引起者相似，但前者均有明显的红肿热痛等急性炎症，并可出现脓液，这是后者没有灰指甲病的。
最后，全身性疾病营养性疾病遗传性疾病或药物可以引起种种甲的改变。而灰指甲病是由外因引起，真菌对甲板的感染是陆续传染的，有时见到的多个甲发生癣症，但却先后出现灰指甲病的症状，并仍可能有一些指甲完全正常，这在内因性甲病中是见不到的。