1、甲真菌病的病原菌包括皮肤癣菌、酵母菌和霉菌。皮肤癣菌最常见为红色毛癣菌、须癣毛癣菌和絮状表皮癣菌。同一甲可感染两种癣菌、两种皮肤癣菌加一种酵母菌（包括马拉色菌）或皮肤癣菌加酵母菌和霉菌等都是常见的引起灰指甲的原因。
2、甲癣常由红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状表皮毛癣菌等引起，也是常见的灰指甲的原因。其他如许兰氏毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌、同心性毛癣菌都可引起甲癣。真菌性白甲常由石膏样毛癣菌引起，偶尔也可以由头孢子菌、镰刀菌及土色曲霉等引起。
3、甲真菌病多由其他丝状真菌、酵母样菌及酵母菌等同样属于灰指甲的原因。大多见于营养不良的指（趾）甲。现已肯定白念珠菌及短帚霉菌可致甲真菌病。近年来，发现拟平滑念珠菌等也常可致甲真菌病。
4、灰指甲的原因可能与遗传、糖尿并局部动静脉循环和淋巴回流障碍、周围神经性疾病等因素有关。在潮湿环境作业及经常受外伤的指趾甲容易被真菌感染。