棉花的生育期，差不多跨越春夏秋冬四季，所以病虫害很多。棉花主要病虫害有立枯病、猝倒病、枯萎病、炭疽病、红腐病等，棉花病虫害的防治要本着“以防为主，综合防治”的植保方针，农业、物理、生物、化学防治相结合，从源头抓起，从根本防治，不要单一依靠化学防治。
1、立枯病
棉花立枯病，多发生在棉花育苗的中后期，主要危害幼苗的茎基部或根部，所以又叫死苗病。
当病菌刚侵染时期，幼苗白天象干了一样出现蔫状，出现暗褐色的病斑，茎基部变水渍形状的淡褐色病斑，当病斑围绕茎部时，病部慢之低陷，渐变为黑褐色，失去声扬功能。严重时，苗会枯死，症状较轻时，染病株仅见褐色低陷的病斑，但不枯死。
在苗床高湿度时，病部可以看到不是很明显蛛出状的淡褐色菌丝，也就是病菌的菌核或菌丝体。
2、红腐病
红腐病菌适宜在20～25度时发生，在棉苗出*前，出*棉苗根部受害，先是根尖变为淡黄色，后变成褐色腐烂，并了逐渐蔓延到整个根部。幼茎基部受伤，由黄褐色变成黑褐色而腐烂。
3、炭疽病
棉花炭疽病，在棉花的苗期、成株期都可发病，主要危害苗和铃。
如果在棉花出苗前受害，即可造成烂种。在出苗后受害，茎基部发生红褐色绷裂女士斑，发展缢缩会造成幼苗死亡。在子叶的边缘出现黄褐色的圆形或半圆形状的斑，后干燥脱落，子叶边缘出现残缺。
茎部染病，有长圆形红褐或暗黑色的病斑，表皮破裂，遇上大风容易折断。
叶上染病，真叶上的圆形病斑，外部边缘紫褐色，中间灰褐色。
棉铃染病，开始现红色的小点，扩展后呈褐色凹陷病斑。在连雨天或气候潮湿时，在病班的中央会产生带轮纹桔红色的粘结的分子孢子团。
病斑之间可以相互发展连接，扩大到全铃。铃内未成熟的纤维或部分或全部腐烂，成为暗黄色的僵瓣。
病害的防治：主要是对田间加强管理，勤中耕，清沟排水，降低*壤的湿度，提高*壤的温度，让*壤通气，以利于棉花根系的发育。染病前用多菌灵进行防治
感染了病菌的病苗、死苗，及时扯掉扔出田外妥善处理，减少田间再梁机会。
齐苗之后可施芸苔素及叶面肥，提高棉苗的抗逆性。
4、棉铃虫
以前棉铃虫分布很广，对棉花危害很大。其幼虫以受损伤的嫩棉叶为食，叶面形成洞或缺口。棉芽受损后，苞叶张开变黄。在芽的下部有直径约5mm的钻孔，芽外有颗粒的粪便，苞叶呈棕色张开，2～3天后脱落。
当某只绿色的铃受伤时，铃铛的底部有一个近似圆形的蛾洞，呈红褐色的粪便就堆积在洞外。棉桃里一个或多个桃花种子和纤维被吃掉，未被吃掉的纤维和种子被水漫泡，形成腐烂的钟。
一只幼虫可以损坏十几个芽和铃铛，大多严重的脱落。
现在抗虫棉的棉花品种，棉铃虫倒是不多了，不过，其它虫相应增多了。
防治：毒死蜱、氯虫苯甲酰胺、茚虫威、棉铃虫核型多角体病毒、甲氨基阿维菌素苯甲酸盐等。
5、蚜虫
蚜虫刺穿棉花叶的背部或者嫩头，吸取里面的汁液。在苗期棉苗受损，棉花叶被蚜虫吸汁后卷曲，使得开花和结铃的时间推迟。
在生长期间，有蚜虫危害，棉花植株上部分叶片卷曲，下部叶片枯黄，中部叶片光滑。叶片被蚜虫分泌的密汁覆盖。
蚜虫分泌的蜜汁，很容易导致霉菌繁殖，并吸引蚂蚁上来，影响棉芽和棉铃的生长发育。
防治：毒死蜱、氟啶胺、吡蚜酮、氯噻嗪、联苯噻虫嗪等。
6、盲椿象
盲椿象，也叫小臭虫，主要有绿盲椿、三点盲椿、中黑盲椿(主要危害流域及以南棉区)、苜蓿盲椿、牧草盲椿(主要危害西北内陆棉区)多种。
盲椿象喜欢在叶脉和嫩茎上吸食汁液，在嫩茎上扎出许多伤口，这些密集的小伤口，在干燥的天气条件下，表皮开裂，在伤口以上的部分会枯蔫死亡，使棉花成了无头珠或者多头株。如果是在叶脉上吸食，就会使叶脉缢缩，叶片失去水份而萎蔫。
盲椿象喜欢危害棉株的幼嫩地方，危害叶片时，在叶片上用吸针吸取叶汁，在嫩叶上留下人肉眼看不见的伤口，伤口周围的叶组织很快变成黄褐色而死掉，叶片形成了许多小孔洞，慢慢整片棉叶皱缩变形，好象被烧焦似的。
盲椿象有两个特性，一是喜欢蓝色和绿色，二是在多种植物间易主危害。
防治：5%氟虫氰十5%啶虫脒1500～2000倍液喷雾；亩用80%锐劲特水份散粒剂2克兑水2鼓喷雾；也可利用其趋色特点，制作色板进行集中诱杀。
7、红蜘蛛
红蜘蛛，就是棉花叶螨，棉蜘蛛螨，此虫主要吸食棉叶背面的汁液，致使棉叶出现黄斑、红叶和落叶。红蜘蛛会危害棉花的整个生育期。
防治： 用73%克螨特1000～1200倍液喷施。阿维菌素+噻螨酮、哒螨灵+螺螨酯均可
8、棉蓟马
蓟马是一种吮吸植物汁液为主的昆虫，幼虫有白、黄、橙等色，成虫是黑色或棕色，它在旱地和水田作物中迁徙为害。
棉蓟马全期都有危害发生，主要以若虫、成虫或假蛹越冬。
在棉苗出*后，蓟马开始危害，伤害棉苗1～2叶的生长点，无头棉花主要就是这时造成的。温度升高后，蓟马会危害棉花叶片，并同时危害其它作物。
防治：高效氯氰菊酯、啶虫脒、蚍虫啉等。
棉花的全生育期很长，从播种到收获完成，差不多占去一年大半的时间，要想棉花获得丰收，防治病虫害是一个相当长期的工作，疏忽不得，大意不得。防治棉花的病虫害，可根据植株的大小以及病情的轻重，确定亩用药量。