薯块贮藏喜温暖，怕寒冷潮湿的环境，需窖藏才能安全越冬。在贮藏期间，如果管理不当很容易引发多种病害发生。
一、主要病害
1.腐烂。甘薯贮藏期腐烂的主要原因是冻害。薯块受冻后，受冻部位水浸状，挤压有清水渗出。受冻薯块内部变褐发黑，形成硬心、硬皮，蒸煮不烂，且发苦有异味。冻害造成的腐烂一般从薯堆表层开始。原因一是收获过晚，在窖外受冻，开始症状不明显，入窖后15天左右开始腐烂。二是贮藏期由于窖浅或防寒保暖条件差而发生冻害，薯块受冻后，易被病原菌侵染，造成腐烂。
2.软腐病。薯块发病后患病部位软化，呈淡褐色水浸状，破皮后流出黄褐色汁液，带有酒精味，病部表面长出白色棉状菌丝，并生出灰黑色小粒。环境条件适合时，病情扩展迅速，4-5天全薯即可腐烂。发病多因窖内高温高湿，在23℃-29℃、薯块上有露滴时利于病害发生蔓延。薯块受冻、受伤时，病菌就会乘机侵入，加重病害发生。
3.干腐病。该病为甘薯贮藏期主要病害。发病初期，薯皮不规则收缩，皮下组织呈淡褐色海绵状，后期薯皮表面产生圆形或不规则形病斑，黑褐色，稍凹陷，边缘清晰。严重时全窖发病，损失严重。发病原因是种薯和*壤带菌，病菌侵染甘薯幼苗后，带菌薯苗在田间呈潜伏状态，甘薯成熟期病菌通过维管束到达薯块而发病。发病适温为20℃-28℃，30℃以上不易发病。
4.黑斑病。甘薯贮藏期是黑斑病危害最重、损失最大的时期。病菌侵染后，薯块上出现膏药状青黑色凹陷斑，并深入薯肉，味苦。潮湿时斑面初现灰色霉层，后现黑色刺状物，病薯不能食用。发病原因是薯块和旧窖中残留物带菌，病原菌通过伤口侵入薯块，最适发病温度为25℃-28℃，高温高湿特别是薯块上有水滴时利于黑斑病的发生蔓延。
二、控制措施
甘薯入窖后要加强温湿度及通风管理，以达到安全贮藏的目的。入窖初期(入窖15-20天内)，薯块水分大、呼吸作用强，外界气温比较高，要敞开窖口，以通风降湿为主。如果长期不通风，窖内二氧化碳浓度增加，薯块易腐烂。贮藏中期(入窖20天至次年的2月)是管理的关键期，由于天气寒冷，应以保温为主，为此要封严窖口，必要时在薯堆上加盖麦秸等保温，温度保持在10℃-14℃，以免温度太高薯块发芽，温度太低发生冻害。湿度控制在85%-90%，防止湿度太大病害蔓延，湿度太小薯块缺水出现干缩糠心。贮藏后期(次年3月份以后)外界气温回升，管理的重点是通风降温，避免温度达到15℃以上。