MRI的缺点在于价格相对昂贵，需要比CT更长的成像时间，并且可能无法在所有患病区域立即使用。其他缺点包括与MRI本身相关的问题，包括磁场、患者幽闭恐怖症和产生对比反应。
MRI技术有哪些不足？
一、磁场
对于可能受到强磁场影响的植入材料的患者，MRI的使用相对来说比较禁忌。这些材料包括铁磁金属、磁控或电子控制的医疗设备，例如，心脏起搏器，植入式心律转复除颤器，人工耳蜗、非铁磁电线或材料，例如起搏器线，某些肺动脉导管等等。
强磁场可能会使铁磁材料发生位移，从而损伤附近的器官，例如血管夹的移位可导致出血。如果植入材料植入时间不超过6周，则磁场作用下更有可能发生位移。铁磁材料也可能导致成像伪影。当暴露于磁场时，磁激活的医疗设备可能会发生故障。
二、幽闭恐惧症
MRI机器的成像管是一个封闭空间，即使在没有预先存在恐惧症或焦虑症的患者中也可以触发幽闭恐怖症。此外，一些肥胖患者不适合放在桌子上或机器内。在扫描前15至30分钟用抗焦虑药，例如阿普唑仑或劳拉西泮 1至2毫克口服，预先给药对大多数焦虑的患者有效。
具有开放侧的MRI扫描仪可用于患有幽闭恐怖症的患者，或非常肥胖的患者。根据磁体的场强，在开放式MRI期间获得的图像可能不如封闭式扫描仪的图像，但它们通常足以进行诊断。此外，在测试开始之前，医护人员应警告患者，MRI机器在扫描过程中发出响亮的敲击声。
三、造影剂反应
注射静脉注射钆的造影剂可导致头痛，恶心，疼痛和味觉扭曲，以及注射部位感冒。严重的造影反应很少见，并且比碘化造影剂更不常见，但是仅在必要时以尽可能低的剂量使用钆，并且考虑成像方法来替代MRI。
肾功能受损患者可能会发生肾功能系统性纤维化，肾源性系统性纤维化是一种罕见但危及生命的疾病，其涉及皮肤，血管和内脏器官的纤维化，导致严重的残疾或死亡。对于肾功能受损的患者，应对称造影MRI的风险和益处进行权衡。如果临床怀疑患有糖尿病，脱水或心力衰竭，如果患者正在服用某些可导致肾功能不全的药物，或患者是老年人，需要首先检查患者的肾功能。