CT与MRI检查广泛应用于疾病的诊断，都属于影像断层成像，但其具有一定的优缺点，CT是x线计算机断层成像，x线对人体有一定的损害，MRI检查，无辐射，是较安全的。MRI检查对于神经系统、椎管内病变显示更为清晰。CT对于钙化、骨皮质及骨折更为直观，肺部疾病，急性脑出血适合CT检查。
CT是x线计算机断层成像，x线属于电离辐射，x线穿透人体产生一定的生物效应，若接触x线量超过容许曝射量，可能产生放射反应，甚至放射损害，所以要合理使用x线检查，避免不必要的x线曝射，以保护患者和工作人员的健康，尤其是孕妇、儿童及长期接触射线的工作人员。各组织器官对x线敏感程度不一，造血系统及生殖系统最敏感。但X线曝射昔在容许范围内，一般则少有影响，应重视防护，不应对x线检查产生疑虑或恐惧。
MRI是无射线辐射损伤，近30年，尚未发现MRI对被检查着的伤害，但由于MRI主磁场强度不断升高，新技术不断涌现，其生物效应和安全性仍值得关注。MRI软组织分辨率高：与cT相比，MRI具有更高的软组织分辨率，显示正常解剖结构，如脑灰白质、神经核团、子宫内膜及结合带等更为清楚，显示病变的能力明显优于CT。MRI检查不用造影剂就能很好的显示血管结构，避免了造影剂可能引起的过敏反应。