1 扫描时信号采集较慢，需时较长。一些生理性活动，如心血管、脑脊液的搏动、呼吸动和胃肠道的蠕动等，均会影响成像的清晰。但是MRI技术的改进，如MRI电影术，表面线圈的改进，呼吸和心电门控技术的应用和快速扫描序列等，大大地克服了MRI这方面的不足。
2 危重病人，不能很好合作和配合的病人，仍不能接受此项检查，或因监护系统及生命维持系统不能进入磁体房，或因扫描时间太长而不能耐受之故。
3 由于磁体扫描膛较小，少数病人会有幽闭感，不能很好配合只得终止检查。另外对过于肥胖的病人亦不易进入扫描膛，或即使进入，也可能因肢体碰触线圈而造成图像不良。
4 带有心脏起搏器或体内带有磁铁性医疗装置的病人均受到限制，不能接受检查。
5 自旋回波成像时，钙无信号，在诊断以病理钙化为特征的病变时，会受到影响。
6 MRI 是一种高科技成像仪器，需要一定的技术力量和器材来维持其运转，因此费用较高。（转载）