CT检查与常规的影像学检查手段相比，主要有以下四个方面的优点。
（1）真正的断面图像
CT检查通过X线准直系统的准直，可得到无层面外组织结构干扰的横断面图像。与常规X线体层摄影比较，CT得到的横断面图像层厚准确，图像清晰，密度分辨率高，无层面以外结构的干扰。另外，CT扫描得到的横断面图像，还可通过计算机软件的处理重组，获得诊断所需的多平面（如冠状面、矢状面）的断面图像。
（2）密度分辨率高
除了磁共振检查外，CT检查与常规影像学检查相比，它的密度分辨率最高。其原因是：第一，CT检查的X射线束透过物体到达检测器经过严格的准直，散射线少；第二，CT机采用了高灵敏度的、高效率的接收器；第三，CT利用计算机软件对灰阶的控制，可根据诊断需要，随意调节适合人眼视觉的观察范围。一般，CT检查的密度分辨率要比常规X线检查高约20倍。
（3）可作定量分析
CT检查能够准确地测量各组织的X射线吸收衰减值，通过各种计算，可作定量分析。
（4）可利用计算机作各种图像处理
借助于计算机和某些图像处理软件，可作病灶的形状和结构分析。采用螺旋扫描方式，可获得高质量的三维图像和多平面的断面图像。
CT检查虽然极大地改善了诊断图像的密度分辨率，但由于各种因素的影响，也有其局限性和不足。
第一，极限分辨率仍未超过常规的X线检查。目前，中挡的CT机其极限分辨率约10LP/cm，而高挡的CT机其极限分辨率约14LP/cm或以上。常规X线摄影的增感屏摄影其分辨率可达7~10LP/cm，无屏单面药膜摄影，其极限分辨率最高可达30LP/cm以上。
第二，CT检查虽然有很广的应用范围，但并非是所有脏器都适合CT检查。如空腔性脏器胃肠道的CT扫描，还不能替代常规X线检查，更不如内窥镜。由螺旋CT扫描的CT血管造影（CTA），其图像质量仍不能超越常规的血管造影。目前，由于多层螺旋CT的出现和一些新的成像方法的应用，已使两者的差距逐渐缩小。
第三，CT检查的定位、定性诊断只能相对比较而言，其准确性受各种因素的影响。在定位方面，CT检查对于体内小于1cm的病灶，常常容易漏诊。在定性方面，也常受病变的部位、大小、性质、病程的长短、病人的体型和配合检查等诸多因素的影响。
第四，CT检查的图像基本上只反映了解剖学方面的情况，几乎没有脏器功能和生化方面的资料。当体内的某些病理改变其X射线吸收特性与周围正常组织接近时，或病理变化不大，不足以对整个器官产生影响，CT也无能为力。
第五，由于硬件结构上的限制，CT检查只能作横断面扫描，尽管机架能倾斜一定的角度，但基本上也只是倾斜的横断面，而依靠图像后处理方法产生的其它断面图像，其像质则有所降低。