目前超声因其费用低廉、实用性强等优点是胎儿的常规检查方法，不过超声的视野比较小，软组织的声学对比稍差，羊水过少时影像质量明显降低，对后颅窝的观察也受到限制，而且结论与操作者的技术水平有很大关系，因此超声并不是胎儿异常检查的“金标准”。
与超声相比，MRI的主要优势在于：①大视野及多方位成像更利于评价解剖异常的空间关系及较大病变与周围结构的关系。②快速MR成像“冻结”了胎儿的运动，高质量显示胎儿器官，且无需对胎儿及母体镇静，减少了副反应。③具有良好的软组织对比。④在孕晚期，尤其是肥胖或羊水过少的产妇，MRI可替代超声检查。基于上述优势，快速MRI在对中枢神经系统的评价中具有其它检查方法无可比拟的优势。
但对于孕妇做MRI的安全性磁共振学会安全委员会的建议：3个月内的孕妇不宜做MRI检查，但如果其它非创伤性的方法不能提供足够的诊断资料而需要采用X线或CT检查时，可以优先考虑施行MRI检查。
怀孕三个月以内禁止MR扫描，三个月以上要充分权衡利弊后谨慎做MR检查。
值得注意的是我们无法给胎儿作听力防护。