复杂型先天性心脏病都有数种心脏及血管畸形合并存在，或者心房与心室、心室与大动脉连接异常，或者腔静脉、肺静脉连接异常，大多合并紫绀。心导管检查凭借心腔、大动脉压力及血氧饱和度变化无法诊断上述复杂型先天性心脏病，这种情况就需要进行心血管造影检查。
有目的地在不同心腔或大血管部位注射造影剂，根据造影剂的流向，显影可以清楚地显示解剖结构的异常，从而作出诊断。心腔瓣膜狭窄、大动脉瓣膜狭窄，程度严重时心导管就难以通过，不能测得压力差别就不能明确诊断，强行或勉强通过狭窄孔容易引起并发症，心血管造影可以显示异常的瓣膜及狭窄瓣孔、狭窄血管。少数的间隔缺损、动脉导管未闭部位奇特，二维超声心动图及心导管检查均不能明确诊断时也需要心血管造影检查。
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心血管造影是先天性心脏病的重要检查方法