先天性心脏病外科手术在目前仍为先心病的主要治疗方法。但外科手术需开胸、体外循环、住院时间长及发生与开胸手术有关的并发症，还有美容问题等，而非开胸的先天性心脏病介入治疗，可以减少或克服以上由于外科手术所引起的种种不足。但另一方面，目前先心病先天性心脏病介入治疗的疾病，大部分为目前外科可常规进行开胸手术的简单先心病，一部分为复杂先心病分期手术中替代外科进行的姑息治疗。
应指出介入性治疗是借助于X线透视、各种超声（二维、多普勒、三维）指引下通过心导管操作对先心病进行介入性治疗，因此外科手术是真正意义上的直视手术，除少数病变外都可在开胸直视下进行解剖或生理纠治。而先天性心脏病介入治疗术是有条件的，有一定限度的，其适应证范围较外科手术为小，如果适应证及介入材料选择不当可引起并发症，因此对每例需进行先天性心脏病介入治疗的先心病，术前需进行系统的非侵入性及心导管术检查以提供先心病病理解剖、血流动力学及心功能情况必要时还需电生理资料，以供先天性心脏病介入治疗适应证的选择。通常不需外科手术的轻度先天性心血管畸形，亦毋需经导管先天性心脏病介入治疗。反之外科手术禁忌证除心血管因素的原因外，通常亦为介入性治疗的禁忌证，如伴有器质性肺动脉高压。
由于先心病病理解剖类型、病情轻重及年龄不一，所应用介入性治疗材料不一，其应用有一定限度。根据不同的介入材料及方法，并经长短不一的应用后随访结果，方能作出适应证的选择。如肺动脉瓣狭窄及主动脉瓣狭窄可分为典型的及发育不良型，前者为球囊扩张术的指征，后者效果不佳。对于依赖动脉导管开放方能生存的先心病，为动脉导管封堵术的反指征。室间隔缺损的肺动脉下型，由于封堵术后影响主动脉瓣功能，目前不是先天性心脏病介入治疗指征等。另外适应证选择需考虑到病人年龄，年龄愈小，体重愈轻，先天性心脏病介入治疗插入的血管内径及心腔亦愈小，给操作及先天性心脏病介入治疗的装置安放带来困难，并且引起的严重并发症亦多。应指出在婴儿期即早期出现症状的先心病多为重症，并常伴有多发畸形，因此术前需对这些病人进行精确的心脏畸形的解剖及生理评价，以确定选择最合适的治疗方式。适应证的选择随着较多病例的术后随访，以确定最有效、安全的适应证，并进行不断的修正。同时每一心脏中心，需根据各自的专业特点、专业医师的技术水平、设备条件及内外科医师合作的习惯等决定先心病先天性心脏病介入治疗及内外科镶嵌治疗的开展。