核磁共振对胆结石诊断效果较好，但代价较高，不是所有胆结石患者都需要作此检查。
对于胆囊结石患者而言，B超检查已经基本上能够满意的提供制定治疗方案的影象学资料。而对于胆管结石患者来说，如何提供整个胆道的连续的、完整的图象是至关重要的，这样的资料才能够反映胆管结石的部位、结石的数目、大小以及结石的分布情况，这些是医生制定治疗方案的关键。在这个问题上，内镜逆行胰胆管造影与经皮肝穿刺胆管造影比核磁共振和CT更有优势，因为CT或核磁共振虽然能提供目前技术条件下最为清晰的图象资料，但这些资料都是间隔一定距离的人体的断层资料，而非连续性的胆道的图象，内镜逆行胰胆管造影与经皮肝穿刺胆管造影提供的则是完整而连续的胆道显影。对于疑有胆囊或胆管肿瘤的患者来说，CT或核磁共振成象则是必不可少的检查，它们能较为准确地定性鉴别肿瘤组织与结石或钙化斑。