MRI突出的优势在中枢神经系统、骨骼肌肉系统。
神经系统的病变包括肿瘤、梗塞、出血、变性、先天畸形、感染等，MRI检查敏感而准确，几乎成为确诊的手段。
脊髓与脊椎病变包括脊柱裂与脊髓栓系综合征、脊髓空洞症、颈椎病、脊髓脊柱损伤、椎管内肿瘤等。MRI能直接显示脊髓空洞、脊髓动静脉畸形髓内出血、硬膜下或硬膜外血肿、蛛网膜囊肿，明确肿瘤位于髓内或髓外，增强MRI更能勾画出肿瘤的具体范围。
骨关节：MRI的优势在骨骼肌肉系统的表现最为明显，任意方向成像能显示肌肉、韧带的全貌，在绝大多数骨关节病变和骨髓疾病的诊断方面， MRI有无可替代的作用。
肺与纵隔病变：多只用于纵隔肿瘤诊断、分期以及肺门、纵隔淋巴结肿大的判断。
肝、胆、胰系统： MRI能清楚显示肾、输尿管、膀胱等组织结构。对炎症、结石、肿瘤、畸形、梗阻、血管病变等可获得清晰的图像；MRI尿路水成像可明确梗阻的具体位置、程度并结合断面图像确定梗阻原因。